বায়তুল মোকাররম শুধু একটি মসজিদ নয়; একটি মসজিদ কমপ্লেক্স। দৈনন্দিন পাঁচ ওয়াক্ত ও শুক্রবার জুমার নামাজের আয়োজনের পাশাপাশি জানাজা, তারাবির নামাজসহ বিভিন্ন ধর্মীয় দিবস যেমন- শবে কদর, শবে বরাত উপলক্ষে বায়তুল মোকাররম জাতীয় মসজিদে আলোচনা, মিলাদ ও বিশেষ মোনাজাতের আয়োজন করা হয়। মসজিদটির পূর্বদিকে থাকা সুউচ্চ শেডে ঢাকা বিশাল চত্বরে বড় বড় অনুষ্ঠান ও আন্তর্জাতিক কোরআন প্রতিযোগিতা, সেমিনার ও মাহফিল অনুষ্ঠিত হয়ে থাকে। পবিত্র রমজান মাসে প্রতিদিন কয়েক হাজার মানুষের ইফতারের আয়োজন করা হয়ে থাকে। ঈদুল ফিতর ও ঈদুল আজহায় এ মসজিদে একাধিক জামাত অনুষ্ঠিত হয়।

এ ছাড়া রমজান ও রবিউল আউয়াল মাসসহ বিভিন্ন সময় ইসলামিক ফাউন্ডেশনের উদ্যোগে বায়তুল মোকাররম মসজিদ প্রাঙ্গণে ইসলামী বইমেলার আয়োজনও করা হয়।